I dintorni di Giugnano erano popolati a partire dalla Preistoria; la località viene ricordata in documenti del secolo IX e prima dell'anno 1076 divenne sede di un monastero. Dell'abbazia sono oggi visibili un grande edificio gotico ed una cripta romanica coperta da volte a crociera sorrette da quattro colonne con capitelli figurati. La floridezza del centro religioso fu legata anche al controllo esercitato dal sito monastico sullo sfruttamento delle risorse idriche e minerarie diffusamente presenti nella valle (in particolare le miniere medievali di rame argentifero di Poggio Mozzeto). Già nel Duecento, forse per impulso dei monaci cistercensi di S.Galgano, il monastero era circondato da numerose strutture manifatturiere, che sfruttando le acque del torrente Bai servivano come mulini e ferriere.
